शान्तिपुर गुफा स्वयम्भू महाचैत्यस्थित उत्तर पश्चिमी कोणमा रहेको छ। यो गुफाको अस्तित्व र इतिहासलाई तान्त्रिक विधासाग गासेर बुझ्ने गरिएको छ। तन्त्रविद्याका पारखीहरू यो गुफासम्बन्धमा थुप्रै रोचक प्रसङ्गहरू सुनाउछन् र यसको तिलस्मी संरचनालाई लिएर आश्चर्यलाग्दा कथा हाल्छन्। अतीतमा जामन गुभाजूजस्ता केही प्रसिद्ध तान्त्रिकहरूले मात्र प्रवेश अवसर पाएको भनिएको शान्तिपुर गुफा काठमाडौंको मध्यभागमा रहेर पनि यसको अस्तित्व र इतिहास भने रहस्यमा जेलिएको छ।

सीमित र तोकिएका व्यक्तिले मात्र प्रवेश अनुमति पाउने र उनीहरूले पनि यो गुफाबारे गोप्यता कायम राख्ने गरेकाले त्यहा प्रवेश गर्ने व्यक्तिबाहेक अन्यलाई यो गुफा अनुमान र कौतुहलको विषय बन्दै आएको छ। भनिन्छ, इतिहासको कुनै कालखण्डमा गौण देशका राजा प्रचण्डदेव नेपाल आउनुभयो। उहा गुणाकर वंदेजुद्वारा चुडाकर्म गराई उहा भिक्षु हुनुभयो। त्यसपछि उहा शान्तश्री भिक्षु कहलिनुभयो। कालान्तरमा उहाले नै स्वयम्भू महाचैत्यको निर्माण गर्नुभयो र त्यसपछि उहा शान्तिकराचार्यको नामबाट प्रसिद्ध हुनुभयो। स्वयम्भू परिसरमा पञ्चतìवका रूपमा बसुपुर, वायुपुर, अग्निपुर, सम्बरपुर र नागपुर स्थापना गरिए।